Inden for de protestantiske kirker har man én opbygning og udgave af Det Gamle Testamente, inden for den katolske kirke en anden og inden for jødedommen en tredje. Se rækkefølgen af skrifterne i den udgave af Det Gamle Testamente, som man bruger i de protestantiske kirker.

Inden for den katolske kirke inkluderer man derudover også i den gammeltestamentlige kanon de skrifter, som protestanter betegner som de gammeltestamentlige apokryfer. Det katolske navn for disse skrifter er derfor de deuterokanoniske Skrifter.

Læs mere om, hvad apokryfer er her

Men de store kristne kirkesamfund er enige om at lade Det Gamle Testamente slutte med profeten Malakias’ Bog. Der er tale om en lille profetbog, som slutter med en forudsigelse af profeten Elias’ komme. Han skal komme for at vende fædres og sønners hjerter til hinanden (Malakias’ Bog 3,24).

Det tolkes i en kristen sammenhæng som en profeti, der tydeligt peger frem mod Det Nye Testamente, og som dermed er en forudsigelse af Kristus' komme. I det hele taget har kristne lige fra allerførste færd læst dele af Det Gamle Testamente som et løfte om Kristus.

Inden for jødedommen har man de samme 39 bøger i Det Gamle Testamente som i den protestantiske kanon, men i en anden rækkefølge. Blandt andet er det sidste skrift ikke Malakias’ Bog, men Første Krønikebog og Anden Krønikebog, hvis sidste ord handler om Templets genopførelse i Jerusalem. Dette peger i den jødiske tradition frem mod den Messias, som man venter og håber på, og mod det han skal gøre.

Med disse forskellige slutninger på Det Gamle Testamente inden for henholdsvis jødedom og kristendom får man et tydeligt indtryk af, hvad de to religioner lægger vægt på og ser frem til.